进一步了解甲基化循环，可以从比较科学的角度来理解，包括一些代谢物的循环。这些代谢物在确保不断产生适量甲基的过程中有着关键作用，并提供对其他生物功能的支持。
蛋氨酸
蛋氨酸是一种必需氨基酸，可以在含有蛋白质的食物中找到，并且能够转化为含硫化合物。其中的一些含硫化合物也可以在甲基化循环中找到，通常被认为是循环的“起点”。蛋氨酸的重要作用之一是在分解旧蛋白质的过程中再生新的蛋白质。这个过程会发生是因为肌肉中的一些蛋白质在运动后会受损而被降解，故蛋氨酸会被用于产生新的蛋白质。
S-腺苷甲硫氨酸（SAM）和 S-腺苷同型半胱氨酸（SAH）
蛋氨酸形成所谓的 S-腺苷甲硫氨酸（SAM）。 SAM 转化为S-腺苷同型半胱氨酸（SMH）和甲基，将甲基加到蛋白质上。除此之外，它还有助于产生和调节激素并维持细胞膜稳态。由于甲基化适用于众多的功能，SAM补充剂亦具有各种潜在作用，包括缓解与心脏病，肝病相关的症状， 治疗精神问题，如抑郁症，焦虑症，精神分裂症等。最近，把 SAM 用作止痛药的研究有所增加，未来可用于治疗骨关节炎、纤维肌痛和经前综合症。
同型半胱氨酸
SAH 可被分解为同型半胱氨酸和腺苷。同型半胱氨酸是甲基化循环的一个关键代谢物，它出现在通往多种途径的十字路口中。同型半胱氨酸可以借维生素 B12 酶转化为蛋氨酸，或者可以往另一种途径 – 转硫途径，以产生人体重要的抗氧化剂谷胱甘肽。同型半胱氨酸亦是一个与年龄相关之神经退行性疾病的生物标志物，并且与高血压和心血管疾病有关。